O genetics fa'aonaponei ua atia'e ai se auala mamana e ta'ua o le genomic selection lea e fa'aogaina ai fa'amaumauga o lo'o i totonu o genomes o la'au ma manu e fa'aleleia atili ai le fa'atupuina.
Genomic filifiliga e mafai ai le vavalo o le gafatia o le tagata mo uiga manaʻomia, e pei o faʻamaʻi teteʻe, fua, poʻo le lelei, e ala i le suʻesuʻeina o le eseesega o le DNA i tagata taʻitoʻatasi.
O nei fa'amaumauga fa'ale-aga e fesoasoani i le faia o fa'ai'uga e sili atu ona malamalama, fa'avavevave le faiga o filifiliga, ma fa'atupu polokalame fa'ato'aga e sili atu ona lelei ma fua tele.
I lenei vaega manaia o genetics, masini suʻesuʻe ua faia mea ofoofogia ma faaleleia ai le fanua. Se'i tatou su'esu'e ma a'oa'o e uiga i le a'oa'oina o masini ile genomic selection.
O le a tonu le Genomic Selection?
Genomic selection ose metotia e fa'aogaina i le fa'atupuina o manu ma la'au e va'ai ai le fa'atinoga a le tagata e fa'atatau i le fa'atupuina o latou kenera.
E aofia ai le va'ava'ai i DNA o tagata e su'e ai fa'ailoga fa'apitoa e feso'ota'i ma uiga mana'omia.
E mafai e tagata su'esu'e ona su'esu'e le agava'a o le tagata mo foliga e pei o le fa'ama'i, fua, po'o le lelei e ala i le su'eina o nei fa'ailoga i le genome atoa.
E mafai e le au faifaatoʻaga ona vaʻai saʻo le faʻatinoga o fanau faʻafetai i le genomic filifiliga e aunoa ma le manaʻomia mo suʻesuʻega phenotypic taimi ma taugata.
E ala i le mafai ai e le au faifaatoʻaga ona filifili tagata taʻitoʻatasi e sili ona lelei le gafataulimaina o polokalame faʻatupuina, o lenei auala e fesoasoani i le faʻavavevaveina o le faʻagasologa o le faʻaleleia e ala i le faʻamalosia atili ma le faʻaleleia atili o uiga manaʻomia i laʻau ma manu.
Fa'atosinaina o la'au e ala ile genomic selection
O le fausiaina o laʻau ua oʻo i se suiga faʻafetai i le genomic selection, lea na faʻavaveina ai le faagasologa ma faʻateleina fua o fua.
Ae ina ia foia faʻafitauli o loʻo oʻo mai e mafua mai i suiga o le tau, e manaʻomia le tele o atinaʻe.
Ina ia foia lenei mea, o loʻo faʻaogaina e le au suʻesuʻe le pangenomes ma auala e aʻoaʻoina ai masini i le genomic selection.
O le genomic material atoa o se ituaiga, e ta'ua foi o le pangenome, e mafai ai ona malamalama atoatoa i le fesuiaiga o kenera.
E mafai ona tatou tatalaina le auala mo le faʻaleleia atili o fualaʻau ma faʻaitiitia aʻafiaga leaga o suiga o le tau i luga o faʻatoʻaga e ala i le vaʻavaʻai i faʻataʻitaʻiga mai faʻatoʻaga faʻatoʻaga, malamalama i faʻalavelave o le aʻoaʻoina o masini, ma faʻamaonia le folafolaga o nei metotia.
Pangenomes o La'au: Fa'aaliga Genomic Diversity
I le masani ai, o fa'apotopotoga fa'apitoa e tasi o lo'o avea ma fa'amuamua o filifiliga genomic, ae o lo'o fa'atuputeleina nei le paneta. Pangenomes totō, nai lo fa'atasiga genome ta'itasi, e atagia mai ai mea fa'atupu o se ituaiga po'o se aiga.
O le tele o fesuiaiga o kenera, e aofia ai i latou e le o aofia ai i le faʻapotopotoga faʻapitoa, o loʻo faʻaalia e i latou. Mo le tele o fualaʻau, na faia ai pangenomes, faʻamalamalamaina le talaʻaga o le faʻaleleia o laʻau ma faʻatoʻaga.
O la latou tu'ufa'atasiga ma filifiliga fa'a kenera e na'o se vaega e aoga.
E mafai e le au faifa'ato'aga ona fa'aogaina le tele o fa'ailoga fa'ailoga, fa'aleleia le sa'o o le va'aiga ma le pu'eina uma o feso'ota'iga, e ala i le tu'ufa'atasia o panenomes i le genomic selection.
Filifiliga Genomic Fa'avae ile Masini A'oa'oga
O auala masani e filifili ai genomic e faigata i le faʻatalanoaina o aʻafiaga e le faʻapipiʻi e pei o le epistasis, faʻailoga genomic, ma fesoʻotaʻiga genotype. I le fa'ata'ita'iina o nei a'afiaga, o auala e a'oa'o ai masini e maua ai tali talafeagai.
O suʻesuʻega talu ai nei na faʻaogaina ai masini aʻoaʻoga i le genomic filifiliga, faʻatasi ai ma faʻaiʻuga i le va o faʻamaumauga ma fualaʻau.
Masini algorithms e aʻoaʻo ai e mafai ona fa'atautaia fa'amatalaga fa'amatalaga lavelave, e pei o fefiloi phenotypes ma fegalegaleaiga i le va o phenotypes po'o genotypes.
Mo se faʻataʻitaʻiga, o masini aʻoaʻoga algorithms na faʻaaogaina e vaʻai ai le gaosiga ma le lelei o fualaʻau fua i fualaʻau polyploid e pei o strawberries ma blueberries.
E ui o nei faiga e tele le gafatia, o le malamalama i lo latou faʻamatalaina ma fetuutuunai hyperparameters e taua tele mo le faʻaogaina lelei.
Metotia 'ese'ese ole a'oa'oina ole masini
I suʻesuʻega vavalo genomic, o loʻo faʻatupulaia le faʻaogaina o masini aʻoaʻoga. O nei metotia e mafai ona tuueseeseina i auala mo le vaavaaia ma le le vaavaaia.
Metotia o le vaavaaia o aoaoga e sili ona aoga talu ai e mafai ona latou mauaina mamanu i totonu fa'ailoga fa'amaumauga ma faatalitali i taunuuga.
E ui o suʻesuʻega eseese na suʻesuʻeina le aoga faʻapitoa o auala faʻapitoa aʻoaʻoga masini, suʻesuʻega faʻatusatusa seti eseese o metotia e le lava.
E taua tele le malamalama po'o fea fa'avasegaga o metotia e sili atu ona lelei ma ia fuaina o latou fa'amanuiaga ma fa'aletonu pe a fa'atusatusa i auala masani.
Folafolaga Genomic Prediction Methods
Linear Mixed Models
I le genomic prediction, faʻataʻitaʻiga faʻafefiloi laina masani ua faʻamaonia e faʻatuatuaina ma aoga. Ina ia faʻamatalaina le fesuiaiga o kenera i le faitau aofaʻi, o nei faʻataʻitaʻiga e tuʻufaʻatasia uma aʻafiaga tumau ma faʻafuaseʻi.
O nei algorithms e mafai ona vaʻai saʻo le faʻatupuina o le genomic e ala i le amanaia o fesoʻotaʻiga taʻitoʻatasi.
Ona o la latou fa'atauvaga fa'ata'ita'iga fa'atinoga, fa'aogaina lelei, ma le fa'afaigofie, o fa'ata'ita'iga fefiloi laina e fa'aaogaina lautele i le fa'atupuina o la'au ma manu. Latou te manaʻomia ni nai faʻataʻitaʻiga faʻapipiʻi nai lo isi auala, e faʻaogaina ai mo le filifiliga genomic.
Toe Fa'atonuina
Mo su'esu'ega o le genome, o metotia fa'asolo fa'asolo e pei ole LASSO (Least Absolute Shrinkage and Selection Operator) ma le tua'oi fa'asologa o mea faigaluega lelei.
O nei metotia e mafai ai ona fesuia'i filifiliga ma fa'atulafonoina e ala i le fa'aopoopoina o se fa'asalaga fa'asala i le fa'ata'ita'iga fa'asolo masani.
O nei metotia e taulimaina lelei faʻamaumauga maualuga ma faʻaleleia le saʻo o le vaʻaiga e ala i le faʻaitiitia o faʻailoga e le taua i le zero.
O faiga fa'asolo fa'asolo o ni filifiliga manaia mo le filifilia o le genomic i su'esu'ega fa'ato'aga o la'au ma manu ona o lo'o faia ai se fetuutuuna'i i le va o le faigofie ma le aoga.
Vaomatua fa'afuase'i
O se metotia a'oa'oga e ta'ua o vaomatua fa'afuase'i e faia valo'aga e fa'aaoga ai la'au fa'ai'uga. E mafai ona fa'aogaina vaomatua fa'afuase'i e su'esu'e ai fa'amatalaga genomic maualuga i le tulaga o le va'aiga genomic.
Faatasi ai ma lenei metotia, ua fausia ai se numera tele o laʻau faʻaiʻuga, e aʻoaʻoina taʻitasi i luga o se vaega faʻailoga o faʻailoga, ma o latou valoʻaga e tuʻufaʻatasia e maua ai se faʻamatalaga e tasi.
O vaomatua faʻafuaseʻi o se meafaigaluega aoga mo le filifilia o le genomic aua e mafai ona latou iloa fesoʻotaʻiga lavelave ma fesoʻotaʻiga e le laina i le va o uiga ma faʻailoga.
O vaomatua faʻafuaseʻi e faʻamalosia foi i fafo ma e mafai ona faʻaogaina faʻamaumauga o loʻo misi, lea e faʻateleina ai lo latou taua mo faʻamaʻi genomic.
ANNs (feso'ota'iga neural fa'akomepiuta)
Faʻatau fesoʻotaiga i tua, o nisi taimi e taʻua o ANNs poʻo fesoʻotaʻiga neural, o faʻataʻitaʻiga faʻatusatusa e maua ai musumusuga mai le fausaga neural o le faiʻai o le tagata.
Ona o lo latou gafatia e iloa ai mamanu lavelave ma sootaga i faʻamaumauga, ANNs ua faʻateleina ma sili atu ona taatele i faʻasologa o gafa.
E mafai e ANNs ona fa'amaumau feso'ota'iga e le fa'alaina i le va o fa'ailoga ma uiga ona o lo latou fausaga fa'apipi'i tele ma nodes feso'ota'i (neuron). O nei fesoʻotaʻiga e manaʻomia aʻoaʻoga maeʻaeʻa e faʻaaoga ai le tele o faʻamaumauga ma le faʻaogaina o le hyperparameter fetuunaiga.
E ala i le faʻaalia o fesoʻotaʻiga faʻalavelave lavelave ma faʻamaonia mamanu natia i faʻamatalaga genomic, o loʻo i ai i le ANN le malosi e faʻateleina ai le saʻo o le faʻasologa o le genomic.
Uiga Fa'atatau ma le Taua o Fa'amaumauga
O suʻesuʻega e faʻaalia ai o faʻamaumauga faʻapitoa ma uiga faʻatatau o loʻo iloiloina e iai se aʻafiaga i le faʻatinoga o faʻamatalaga ma tau faʻatusatusa o auala e aʻoaʻo ai masini.
E pei ona maitauina, o le fa'aopoopoina o le lavelave i faiga fa'aleaganu'u masani e mafai ona i'u ai i tau fa'akomepiuta tetele e aunoa ma le fa'ateleina o le sa'o o valo'aga.
Tupe Teufaafaigaluegaina Lelei Fa'akomepiuta
Ona o le faʻalagolago i faʻamaumauga faʻatulagaina ma uiga mo le faʻatinoina o le faʻatinoga ma le mamafa o faʻatusatusaga, e taua tele le teu faʻafaigaluega i le faʻaleleia atili o le faʻaogaina o masini aʻoaʻoga algorithms ma punaoa tau komepiuta.
Ole a fesoasoani lea ile fa'aleleia atili o le sa'o ma le lelei ole filifiliga genomic.
Fa'ai'uga – O le ā le mea o lo'o i ai i le lumana'i?
O le aʻoaʻoina o masini i le genomic e foliga mai e iai se lumanaʻi manuia. O auala e a'oa'o ai masini e iai le avanoa e suia atoa ai le va'aiga fa'atupuina a'o fa'atupuina tekinolosi ma fa'ateleina avanoa fa'akomepiuta.
O nei metotia e mafai ai ona faʻaogaina faʻamatalaga genomic maualuga, le mauaina o faʻataʻitaʻiga lavelave, ma le faʻateleina o le saʻo o valoʻaga.
E ala i le faʻafaigofieina o se filifiliga vave ma sili atu le saʻo o tagata taʻitoʻatasi ma foliga manaʻomia, o le tuʻufaʻatasia o masini aʻoaʻoga algorithms ma genomic filifiliga o loʻo i ai le avanoa e faʻaleleia ai polokalame faʻaleleia.
Ina ia faʻaleleia nei metotia, faʻatautaia mataupu faʻatatau, ma suʻesuʻe lo latou faʻaogaina i laʻau ma meaola eseese, e manaʻomia nisi suʻesuʻega.
Matou te faʻamoemoe o le aʻoaʻoina o masini e faʻateleina le taua i le genomic filifiliga aʻo faʻalauteleina tekinolosi, faʻavaveina le saoasaoa o le alualu i luma o le kenera ma fesoasoani i le vaega o faʻatoʻaga.
Tuua se tali